Santiago Ruta es graduado de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de La Plata (2002). Desde 2003 se desempeña como docente en la Cátedra de Medicina Interna «C» de dicha institución académica.

Completó su formación médica en Residencias de Clínica Médica (2003-2006) y Reumatología (2006-2009) en La Plata, Hospital San Roque de Gonnet y Hospital General San Martín, respectivamente, y fue Jefe de Residentes en Reumatología (2009-2010).

En 2008 realizó una formación en ecografía musculoesquelética en la «Cattedra di Reumatologia – Università Politecnica delle Marche», Jesi, Italia, y completó un segundo fellowship en 2010. Entre 2010 y 2018 trabajó como médico de planta en la Sección Reumatología del Hospital Italiano de Buenos Aires, dedicado principalmente a ecografía aplicada a la reumatología.

Entre 2013 y 2016 completó la Maestría en Investigación Clínica del Instituto Universitario Hospital Italiano de Buenos Aires, obteniendo el título de Magister en Investigación Clínica. Ha publicado el Manual de Ecografía aplicada a la Reumatología (2020) y participado como revisor en distintas revistas científicas.